Był synem Stanisława, inżyniera Kolei Warszawsko-Wiedeńskiej i Marii ze Świętalskich. Szkolne lata spędził w Radomiu. Następnie był słuchaczem Szkoły Technicznej Wawelberga i Rotwanda w Warszawie. Przed wybuchem I wojny światowej podjął w Liège studia politechniczne. Związał się ze Związkiem Strzeleckim i Związkiem Walki Czynnej. Uczestniczył w czasie wakacji 1914 w różnych formach szkolenia wojskowego. Swój szlak bojowy rozpoczął 6 sierpnia 1914 w szeregach 1 Kompanii Kadrowej. Pod Kostiuchnówką był ciężko ranny. Od stycznia 1917 uczestniczył w pracach Szkoły Podchorążych 1 Pułku Ułanów Legionów w Ostrołęce. Był wachmistrzem 4, potem 2 szwadronu. Po kryzysie przysięgowym internowany w Szczypiornie.
W 1918 zgłosił się do powstającej w Lubelskiem konnicy. W szeregach 7 Pułku Ułanów Lubelskich walczył w Małopolsce Wschodniej. W kwietniu 1918 w czasie ataku na Baranowicze ponownie został ranny. W 1920 brał udział w słynnej kontrofensywie znad Wieprza. Całą kampanię zakończył w Lidzie. Po wojnie stacjonował ze swym pułkiem w Mińsku Mazowieckim. Często pełnił służbę przy Komendancie w Sulejówku. W 1926 przeniesiony do 26 Pułku Ułanów Wielkopolskich w Baranowiczach. Z wojskiem rozstał się 10 marca 1927 w stopniu rotmistrza.
Od 1927 pracował w administracji państwowej. Pełnił kolejno funkcję starosty powiatu w Makowie Mazowieckim (1928–1929), Baranowiczach (1930–1931) i Wilejce (1932–1934), naczelnika wydziału w zarządzie miejskim Warszawy i ponownie starosty – tym razem w Przasnyszu (od 1936). Poświęcał się również pracy społecznej, pełniąc funkcję prezesa Związku Legionistów w Wilejce i Przasnyszu oraz Wileńskiej Federacji Polskich Związków Obrońców Ojczyzny. Ożenił się z Hanną Sowińską, miał z nią syna Adama i córkę Jadwigę (z męża Fęglerską). We wrześniu 1939 aresztowany przez NKWD koło miejscowości Mirogoszcza Mała na Wołyniu. Przebywał w więzieniach w Dubnie i Łucku. Z obozu jeńców w Kozielsku wysłał dwa listy do rodziny – ostatni nosi datę 16 lutego 1940. Zginął w lesie katyńskim. Jego imię nosi ulica w Przasnyszu.
Zygmunt Młot-Przepałkowski został odznaczony Krzyżem Niepodległości, Krzyżem Walecznych (czterokrotnie), Złotym Krzyżem Zasługi, odznaką pamiątkową 1 Kompanii Kadrowej, odznaką pamiątkową I Brygady Legionów „Za wierną służbę”. Minister Obrony Narodowej decyzją Nr 439/MON z dnia 5 października 2007 r. mianował go pośmiertnie do stopnia majora. Awans został ogłoszony w dniu 9 listopada 2007, w Warszawie, w trakcie uroczystości "Katyń Pamiętamy – Uczcijmy Pamięć Bohaterów". Jego nazwisko widnieje na tablicy katyńskiej na cmentarzu parafialnym w Przasnyszu. Upamiętnia go również dąb zasadzony 5 września 2009 roku w Górach Dębowych koło Janowa, podczas uroczystości „Katyń… ocalić od zapomnienia”.